隨著科學的進步和社會的發(fā)展特別是醫(yī)療實踐的發(fā)展，最初的中醫(yī)學理論已無法詮釋新的科學事實，因此，醫(yī)學理論必須不斷創(chuàng)新，才能適應社會需要，這就促使中醫(yī)學進入漢代以后，呈現(xiàn)出全面發(fā)展的階段，這個階段共包括三個時期：

魏晉隋唐時期

由于重視總結臨床經(jīng)驗，并繼承整理發(fā)揮《黃帝內(nèi)經(jīng)》、《傷寒雜病論》等經(jīng)典醫(yī)著的理論，出現(xiàn)了眾多名醫(yī)名著。如晉代王叔和的《脈經(jīng)》和皇甫謐的《針灸甲乙經(jīng)》、隋代巢元方的《諸病源候論》、唐代孫思邈的《千金要方》和《千金翼方》。

醫(yī)學宋金元時期

中國經(jīng)濟和科學技術日益發(fā)展，學術文化領域百家爭鳴，出現(xiàn)了眾多的中醫(yī)學學派，特別是思想家的革新精神，為中醫(yī)學理論的創(chuàng)新和突破性進展，提供了有利的文化背景。宋代陳無擇著《三因極一病證方論》一書，提出三因學說；并產(chǎn)生了最具盛名四大學派，劉完素倡導火熱論；張從正力倡“攻邪論”；李杲提出“內(nèi)傷脾胃，百病由生”的理論；朱震亨創(chuàng)造性地闡明了相火的演變規(guī)律。

醫(yī)學明清時期

是中醫(yī)學理論綜合匯編、深化發(fā)展，臨床各科辨證體系豐富、提高階段。如明代樓英的《醫(yī)學綱目》和王肯堂的《證治準繩》，清代吳謙等編著的《醫(yī)宗金鑒》和陳夢雷主編的《古今圖書集成·醫(yī)部全錄》等。王清任著《醫(yī)林改錯》，注重實證研究，糾正了古醫(yī)籍中關于解剖知識的某些錯誤，肯定了“腦主思維”，發(fā)展了瘀血理論。溫病學說的形成和發(fā)展，標志著中醫(yī)理論的創(chuàng)新與突破，吳有性著《溫疫論》，葉天士著《溫熱病篇》，吳鞠通著《溫病條辨》等，在藥物學研究方面，李時珍著的《本草綱目》，總結了16世紀以前中國藥物學研究的成就。