自從現(xiàn)代醫(yī)學從西方傳入中國之后，兩種醫(yī)學體系的比較就一直在進行。反對中醫(yī)的人曾使用“新醫(yī)”、“舊醫(yī)”來稱呼它們；支持中醫(yī)的人曾使用“西醫(yī)”、“國醫(yī)”這樣的名稱。當代比較中立的稱呼是“現(xiàn)代醫(yī)學”和“傳統(tǒng)醫(yī)學”。

醫(yī)學理論體系

世界上的醫(yī)療體系大致上可分成：

“擬人論醫(yī)學體系”(神學)：認為疾病的發(fā)生是由于超自然物（神靈）力量所造成的，如撒旦、鬼、神祇等，巫醫(yī)、乩童、符咒等即屬于此類。
“自然論醫(yī)學體系”(經(jīng)驗醫(yī)學)：認為疾病的發(fā)生是由于自然環(huán)境的變化或人的生活方式不正常所造成的，如氣候的變化、飲食習慣、人情緒變化等。中醫(yī)學、阿育吠陀、順勢療法等即屬于此類。
“科學論醫(yī)學體系”(實驗設計)：經(jīng)由設立假說、實驗設計，并利用演繹、歸納等方法呈現(xiàn)結果，或借由科學儀器偵測所產(chǎn)生的醫(yī)學，是近現(xiàn)代醫(yī)學的主流，例如西醫(yī)。
其中前面兩者被歸類為傳統(tǒng)醫(yī)學或替代醫(yī)學，而后者則屬于現(xiàn)代醫(yī)學的主流。

自從西洋醫(yī)學（又稱為對抗醫(yī)學）隨著傳教士由歐洲傳入中國之后，兩種醫(yī)學體中醫(yī)學系的競爭與融合就一直在進行。近現(xiàn)代西方醫(yī)學是西方傳統(tǒng)醫(yī)學向近現(xiàn)代生物科學的生物醫(yī)學模式轉(zhuǎn)換，面臨社會-心理-生物綜合醫(yī)學模式的形成，1992年4月在廣州中醫(yī)藥大學召開了“首屆全國中西醫(yī)學比較研究學術研討會”，大會上曾邦哲（曾杰）提出了中西醫(yī)學匯通走向系統(tǒng)醫(yī)學與系統(tǒng)藥物學（systems medicine and pharmacy）的道路，同時將中醫(yī)藥經(jīng)典作為傳統(tǒng)醫(yī)藥加以保存，一方面提供了中西醫(yī)學匯通的醫(yī)學現(xiàn)代化資源，另一方面使傳統(tǒng)醫(yī)藥發(fā)揮其特有的不可替代的用途，也就是說傳統(tǒng)的中醫(yī)藥以地道的傳統(tǒng)醫(yī)學存在，現(xiàn)代的中西結合醫(yī)學則必須徹底走向現(xiàn)代化