自從現(xiàn)代醫(yī)學(xué)從西方傳入中國之后，兩種醫(yī)學(xué)體系的比較就一直在進行。反對中醫(yī)的人曾使用“新醫(yī)”、“舊醫(yī)”來稱呼它們；支持中醫(yī)的人曾使用“西醫(yī)”、“國醫(yī)”這樣的名稱。當(dāng)代比較中立的稱呼是“現(xiàn)代醫(yī)學(xué)”和“傳統(tǒng)醫(yī)學(xué)”。

醫(yī)學(xué)理論體系

世界上的醫(yī)療體系大致上可分成：

“擬人論醫(yī)學(xué)體系”(神學(xué))：認為疾病的發(fā)生是由于超自然物（神靈）力量所造成的，如撒旦、鬼、神祇等，巫醫(yī)、乩童、符咒等即屬于此類。
“自然論醫(yī)學(xué)體系”(經(jīng)驗醫(yī)學(xué))：認為疾病的發(fā)生是由于自然環(huán)境的變化或人的生活方式不正常所造成的，如氣候的變化、飲食習(xí)慣、人情緒變化等。中醫(yī)學(xué)、阿育吠陀、順勢療法等即屬于此類。
“科學(xué)論醫(yī)學(xué)體系”(實驗設(shè)計)：經(jīng)由設(shè)立假說、實驗設(shè)計，并利用演繹、歸納等方法呈現(xiàn)結(jié)果，或借由科學(xué)儀器偵測所產(chǎn)生的醫(yī)學(xué)，是近現(xiàn)代醫(yī)學(xué)的主流，例如西醫(yī)。
其中前面兩者被歸類為傳統(tǒng)醫(yī)學(xué)或替代醫(yī)學(xué)，而后者則屬于現(xiàn)代醫(yī)學(xué)的主流。

自從西洋醫(yī)學(xué)（又稱為對抗醫(yī)學(xué)）隨著傳教士由歐洲傳入中國之后，兩種醫(yī)學(xué)體中醫(yī)學(xué)系的競爭與融合就一直在進行。近現(xiàn)代西方醫(yī)學(xué)是西方傳統(tǒng)醫(yī)學(xué)向近現(xiàn)代生物科學(xué)的生物醫(yī)學(xué)模式轉(zhuǎn)換，面臨社會-心理-生物綜合醫(yī)學(xué)模式的形成，1992年4月在廣州中醫(yī)藥大學(xué)召開了“首屆全國中西醫(yī)學(xué)比較研究學(xué)術(shù)研討會”，大會上曾邦哲（曾杰）提出了中西醫(yī)學(xué)匯通走向系統(tǒng)醫(yī)學(xué)與系統(tǒng)藥物學(xué)（systems medicine and pharmacy）的道路，同時將中醫(yī)藥經(jīng)典作為傳統(tǒng)醫(yī)藥加以保存，一方面提供了中西醫(yī)學(xué)匯通的醫(yī)學(xué)現(xiàn)代化資源，另一方面使傳統(tǒng)醫(yī)藥發(fā)揮其特有的不可替代的用途，也就是說傳統(tǒng)的中醫(yī)藥以地道的傳統(tǒng)醫(yī)學(xué)存在，現(xiàn)代的中西結(jié)合醫(yī)學(xué)則必須徹底走向現(xiàn)代化